I nærheten (Bleikøykalven) ligger et fuglereservat og landskapsvernområde (Hovedøya).
Klimaetaten skriver i sitt høringssvar at hyppige fergeavganger kan forstyrre overvintrende sjøfugl og påvirke hekkesesongen negativt.
Bymiljøetaten påpeker i høringssvaret at viktige våtmarksområder potensielt kan bli påvirket.
Farled i konflikt med naturen
Det er for grunt til at fergene kan seile inn farleden mellom Sjursøya og Bleikøya til Kongshavn. De er større enn godsskipene, som denne farleden er ment for. Trolig må flere undervannsskjær på Bleikøya sprenges for å få tilstrekkelig dybde.
Bymiljøetaten skriver i sitt høringssvar at konsekvensene av anleggsarbeidet og fergetrafikken ved Kongshavn kan bli betydelig negativ både for fuglene og livet under vann. Det skyldes behovet for sprengning av nye farleder og vesentlig økning av propellerosjon rundt Alnaelvas utløp. Naturinngrepene kommer for nært naturreservatet på Bleikøykalven og viktige bløtbunnsområder.
Anleggsarbeid og fremtidig fergetrafikk i området vil medføre betydelige forstyrrelser for overvintrende sjøfugl. Kongshavn utpeker seg som mest negativt for torskens gytefelt, fordi det er her en felles fergeterminal vil medføre størst naturinngrep.